Die Besonderheit der Bunkerruinen ist die Bereitstellung einer Vielzahl unterschiedlicher Lebensräume auf kleinster Fläche. Mit einem Wechsel von kleinen trockenen und feuchten Hohlräumen, schattigen Spalten, schrägen sonnigen Wänden und kleinen Wasseransammlungen haben sie einen hohen ökologischen Wert. Sie bieten Schutz, Nahrung und Fortpflanzungsmöglichkeiten für eine Reihe von Insekten, Reptilien, Vögeln und Kleinsäugern. Aufgrund der sehr unterschiedlichen Zerstörungsgrade der Bunker ist heute jede Ruine ein Unikat und hat ihre individuellen Strukturen und Klimabedingungen. Besonders teilweise und stark gesprengte Bunker haben wegen ihrer hohen Strukturvielfalt und Standortdiversität ein hohes naturschutzfachliches Potenzial. In diesen Bunkerruinen findet man häufiger wildlebende Tiere als in vollständig erhaltenen, übererdeten oder zertrümmerten Bunkern. Mit ihren unterschiedlichen Baumarten, Wuchsformen und dem Vorhandensein von Totholz weisen die Bunkerruinen vor allem im Vergleich zu ihrem Umland eine sehr hohe Strukturdiversität auf. Sie gleichen den Mangel an natürlichen Höhlen aus und bieten Schutz. Durch diese Diversität treten in den Bunkerruinen beispielsweise besser geeignete Strukturen für Wildtiere auf, als in den strukturarmen Wäldern der Umgebung. Durch die Zerstörung der Bunker werden die unterschiedlichsten ökologischen Bedingungen mit ihren vielfältigen Lebensräumen vernichtet. Bei teilweiser Übererdung bleibt zwar durch kleine Zugänge der Lebensraum für Tiere bestehen, der für Pflanzen geht jedoch verloren. Bei der Übererdung kommt es somit zu einem Verlust der Standortdiversität. Eine Studie über 2 Bunkerruinen in Baden-Württemberg hat ein hohes Artenaufkommen bewiesen. In den beiden Anlagen wurden 119 Käferarten gezählt, im Umland nur 49. Von insgesamt 125 Arten traten 6 nur in der Umgebung auf, 76 nur in den Bunkeranlagen. Hieran wird deutlich, dass Bunkerruinen die Vielfalt der Tier- und Pflanzenwelt im Grenzgebiet erhöhen und unbedingt geschützt werden müssen.
