Mit der Kapitulation der deutschen Wehrmacht am 9. Mai 1945 war auch das weitere Schicksal der Verteidigungsanlagen in Deutschland besiegelt.
Kurz nach Ende des Krieges ordnete der Alliierte Kontrollrat den Abriss der Westwallanlagen an. Die Sprengungen der Bunker begannen bereits 1946. In den beiden Jahrzehnten nach dem Krieg wurden die Westbefestigungen in großem Stil beseitigt.
Nach einem Urteil des Bundesgerichtshofes von 1957 gehören die meisten Bunker bzw. die Bunkerruinen als Rechtsnachfolger des Deutschen Reiches der Bundesrepublik Deutschland. Die Anlagen befinden sich meist im Sondereigentum der Bundesrepublik Deutschland, vertreten durch das Bundesfinanzministerium. Das Allgemeine Kriegsfolgengesetz regelt den Umgang mit den ehemaligen Bunkeranlagen. Laut diesem ist der Bund für den Zustand der ehemaligen Verteidigungsanlagen verantwortlich und haftet für Schäden an Leib und Leben, die durch die Ruinen verursacht werden, so dass der Abbruch der Anlagen wie zuvor weiter ging. Die Bauwerksbetreuung, insbesondere die Verkehrssicherungspflicht, wurde der Bundesanstalt für Immobilienaufgaben (BImA) übertragen. Insbesondere in Fällen, wo der Bunker auf privatem, landeseigenem oder kommunalem Grund steht, aber die Anlage dem Bund gehört, werden häufig von den Flächeneigentümern Sicherungsmaßnahmen gefordert. Durch diese Verantwortlichkeit ergeben sich regelmäßig Konflikte zwischen Maßnahmen zur Gefahrensicherung und Belangen des Natur- und Denkmalschutzes.
Rechtsvorschriften des Natur- und Denkmalschutzes sind beim Umgang mit den Anlagen zu berücksichtigen. Insbesondere die FFH Richtlinie (92/43EWG) ergänzt die bisherigen nationalen Regelungen zum Artenschutz.
Zahlreiche Bunkeranlagen wurden in den vergangenen Jahren, meist veranlasst durch die Grundstückseigentümer, nach den Bestimmungen des Allgemeinen Kriegsfolgengesetzes aus Gründen der Gefährdungshaftung durch die Bundesanstalt für Immobilienaufgaben beseitigt.
Aufgrund der Verkehrssicherungspflicht ging der Abbruch der Anlagen wie zuvor weiter. Meist wurden sie zur Verkehrssicherung und Gefahrenabwehr übererdet oder einplaniert. Auch im Zuge der Neuordnung des Bodens (Flurbereinigungsverfahren) sind Bunker beseitigt worden. Nur in den wenigsten Fällen der Zerstörung wurden artenschutzrechtliche Belange ausreichend berücksichtigt.
Für die Beseitigung der Anlagen aus Stahl und Beton sind erhebliche technische und finanzielle Mittel nötig, deshalb konnte keine vollständige Beseitigung stattfinden. Es gab bestimmte Kriterien, nach denen die Bunker zur Beseitigung ausgewählt wurden. Seit 1970 stellt der Bund nur noch finanzielle Mittel zur Verfügung, wenn die Bunker einsturzgefährdet sind.
1979 waren knapp 70 km Höckerlinie und fast 6000 Bunker beseitigt worden, die Kosten beliefen sich auf 38 Millionen DM. In den meisten Fällen wurden die Bunker zertrümmert und an Ort und Stelle mit Erde zugeschüttet. Ein weiteres Motiv zur Zerstörung war die Beseitigung von Hindernissen bei öffentlichen oder privaten Bauvorhaben, z. B. Straßen oder Neubaugebiete. Auch heute noch sind die ehemaligen Bunkeranlagen von Verkehrssicherungsmaßnahmen und vom Abriss bedroht. In Rheinland-Pfalz wurde der Abriss im Jahr 2004 durch einen Runderlass gestoppt.
Aufgrund der Funktion als Lebensstätte und Biotopverbundstruktur müssen die noch bestehenden Anlagen unbedingt erhalten bleiben. Mit jedem zerstörten Bunker verlieren wir wertvolle Lebensräume und verringern die biologische Vielfalt. Vor der Durchführung von Sicherungsmaßnahmen müssen Prüfungen hinsichtlich Artenschutz, Gebietsschutz und Eingriffsregelung vorgenommen werden. Ist eine Beseitigung einer Anlage aus überwiegendem öffentlichem Interesse unumgänglich und kann eine Beseitigung nicht verhindert werden, muss ein entsprechender Ersatz geleistet werden.
Zur Erhaltung von Habitatfunktionen wurden bei gut erhaltenen Anlagen zwar Eingänge verschlossen, aber kleine Öffnungen für Amphibien und Fledermäuse belassen. In den Fällen, wo Zerkleinerung und Übererdung erfolgte, wurde in vielen Fällen durch den Einbau von Rohren die negative Auswirkung gemindert. Allerdings wurde dabei nicht für jede Tierart die Unterschlupffunktion erhalten.
In Zukunft sollte sich der Aufwand der Gefahrensicherung grundsätzlich auf das Abstellen von Gefahrenquellen im Einzelnen (z. B. Entfernen hervorstehender Moniereisen) konzentrieren. An häufig von Menschen frequentierten Orten können landschaftsangepasste Holzzäune geeignete Barrieren darstellen. Aus Sicht des Naturschutzes und der Denkmalpflege sind die dauerhafte Erhaltung der Anlagen und die Vermeidung von Störungen anzustreben.
